本店とは会社の本拠地になりますので、工場、事務所などのうち
一箇所を登録します。
また本店所在地は必ず登記しなければいけない事項なので
とりあえず自宅を本店所在地として登記を行い
実際に事務所を借りる場所が確定してから登記を移すというのが一般的です。
また、あえて本店は自宅のままにして
借りた事務所は支店として登記費用を浮かせるという方法もあります。
しかし、実態と異なってしまいますので、
のちのち取引先などに謄本を確認されたときのリスクを考えると
あまりお勧めできません。